高邮湖的前身是樊梁湖，一直是古代唯一南北大动脉——大运河上重要的运输通道。

唐朝时，樊梁湖开始逐渐下沉，湖面有所扩大，一湖变成了两湖，北称甓社湖，南称珠湖。

北宋时，樊梁湖继续扩大，两湖变成五大湖，周边的低洼沼泽地也相继成为小湖，统称三十六湖。高邮进士秦观有诗云：“高邮西北多巨湖，累累相连如串珠。三十六湖水所潴，尤其大者为五湖。”

现代地质勘探表明，高邮湖处于地质断裂带“金湖凹陷”（石油地质勘探专用名词，又叫苏北凹陷）上，高邮湖确实是逐渐沉陷而扩大的。

唐朝末年，藩镇割据，包括江淮在内的大唐天下大乱。887年，高邮镇遏使张雄（善使剑，人称张神剑）参与了军阀混战。孙儒杀主帅秦宗衡后称霸一方，率骑兵七千人攻高邮，张神剑不支被杀。高邮被屠城，遭受了重大的人员与财产损失，历史典籍付之一炬。目前，《高邮州志》只能追溯到宋代，与唐末大乱有极大关系。

高邮州是江淮间通衢大邑，人杰地灵，经济、文化发达，人才辈出。古高邮出过约一百五十位进士（如果将离开高邮二百多年的王夫子等也算上，就有二百位），目前高邮能查知最早的进士是北宋咸平五年（1002年）的陈知微。唐代高邮有没有进士？《太平广记》卷三九五援引《因话录》云：“唐进士郑家在高邮，亲表卢氏庄近水。邻人数家，共杀一白蛇。未久，忽大震雷，雨发，数家陷溺无遗。卢宅当中，唯一家无恙。”《因话录》的作者是唐代834年进士赵，《四库全书总目》称该书基本可信：“虽体近小说，而往往足与史传相参。”郑家的左邻右舍皆陷落，说明他家处于沉陷地带，也与高邮湖是地质沉陷区相吻合。唐代郑可能是高邮州最早的进士。