在大运河淮安至扬州段，有两个古迹不能忽视。一是淮安的镇淮楼，巍然屹立在淮河和大运河的交汇处，目送浩淼之水东去入海。另一处则是高邮运河之滨的水部楼，管理着淮扬段大运河的河务，确保江淮水乡的安宁。

高邮是古邗沟发源地，是大运河历史遗产城市，也是大运河沿线历史文化名城之一。大运河的两千多年历史，高邮参与其中。尤其至明代以后，大运河结束了河湖一体时代，实现河湖分道，里运河横空而出，演绎出许多动人的故事，也催生了大运河上一颗闪亮明珠的诞生——高邮水部楼。

高邮从秦王嬴政筑高台，设邮亭，就是一个重要的水陆交通要冲。秦邮驿，既是陆上的，也是水上的。汉代置县，三国时属魏，为历来兵家必争之地。越两晋南北朝，至唐，淮南节度使李吉甫在高邮湖畔修筑平津堰，成为高邮史上第一个重要的水利工程。至宋，乡贤秦观诗云，“吾乡如覆盂，地据扬楚脊。环以万顷湖，粘天四无壁。”秦观的诗歌准确形象地描述出高邮的地理特色。

因为高邮区域为黄河淮河的泄洪之地、入江通道，水灾成为人民群众的心头大患。从明代起，高邮历史上的重要篇章，就是治水，筑堤、保堤、溃堤，再筑、再保。

历代统治者对大运河都十分重视。春秋起源，隋代开挖，唐宋扩展，元代成形，明清疏浚。明清时期既是大运河漕运的鼎盛时期，也是河道整治的重要时期。朝廷均设有治理大运河的行政管理机构，管理河务。

在明成祖朱棣执政时，安徽人陈瑄将军修筑了高邮湖的第一个湖堤，也就是今天的西堤。明孝宗弘治三年（公元1490年），户部侍郎白昂开凿康济河，修建了东堤。从此，河湖分道。今天的运河基本形成，船在湖外的河中行驶，没有了风涛之险。四年后，明武宗正德元年（公元1494年），高邮迎来了水利史上的重要事件。明朝的南河廊署从徐州萧县迁驻高邮。高邮拥有了朝廷派驻的垂直机构，水部楼应运而生。当年的大运河共分为五个管理段，从淮安至扬州的里运河段，由高邮水部管理。直到清世祖顺治元年（公元1644年），驻高邮的南河廊署改为南河分司(工部分司)。也就是说，从明至清初的近150年，高邮水部是作为国家级机构存在的，直到清初才降为地方性管理机构。可以这样说，高邮水部楼的地位在当时不亚于淮安的镇淮楼，是和淮安的漕运总督府作为平行机构并存的。高邮水部楼俯瞰江淮水域，统领治水河务。

水部楼位于高邮老城中市口西侧，始建于县府街和西后街的交叉处，为二层建筑，是过街通道。当初，这是一个垂直的河务管理机构，具有勘察、施工、预警、抢修和日常管理的综合功能。即使到清初，成为工部的一个分司，也是一个特别重要的民生机构。水部楼庄严、肃穆，发挥着稳定人心、掌控治水方略的特殊作用。清康熙十六年（公元1677年），镶黄旗将军辽阳人靳辅任河道总督，次年，撤消驻邮的南河分司(工部分司)，但清廷治理湖河的工作一刻也没有停止。靳辅总督当然是有作为的，他改挑永安新河(清水潭)，另筑东西堤，以图永绝决口。建南关大坝，创建滚水坝。后有诸多人物，如张鹏翮、罗文翰等，都是不应被忘记的。康熙、乾隆皇帝数次南巡，均视察河工。然而，由于技术手段落后，防洪设施薄弱，里运河水患从未根治。

作为治水的管理机构，高邮水部楼并未荒废，仍然在发挥着应有的作用。当地人也称水部楼为水鼓楼，是因为在二层楼安有大鼓。如有水灾情况紧急，则击鼓报警，让城中居民及早躲避。这毕竟是一种比较原始的报警方式，后来逐渐弃用。水鼓楼是当街历史建筑，底层可供市民通行。她静静地矗立在大运河边，感受着河湖之水的苍凉和喜悦，也见证了数百年人民群众抗灾保家的艰难历程。至上世纪“文革”，水部楼被作为封建“四旧”拆除，运河明珠灭于尘埃。

2015年，市委市府为彰显历史文化，留住人们记忆，遵循旧制，在原址北侧重建了水部楼。