古代书院相对独立于官学之外，是由官府会同个人或社会集团为培养科举人才、传播道德风尚、弘扬学术研究而举办的教育机构。南宋淳熙(1174—1189)中，高邮进士龚基先曾在镇江北固山凤凰池创办淮海书院，开吾乡创立书院风气之先。高邮自古为广陵首邑，清代曾诞生过珠湖书院，在为科举输送人才的同时，也培养了一批批学识渊博、经世致用的学者，有些学者如李惇、宋绵初、夏宝晋等还曾入主过各地书院，为扬州学派的发轫与繁荣做出了积极贡献。

珠湖书院的兴起，则源于乾隆二十三年的一桩公案。明代僧人禅心在高邮北门越城募建长生庵，长生庵之东即关圣殿。乾隆二十三年(1758)，该庵竟然发生了苇翘、贯翘、枢也、轀辉、印南等十余名僧人盗卖、盗典寺庙田460余亩的窝案，庵内“器具荡费殆尽”，仅印南一人就因奸赌欠债一千一百七十余两白银。

士民贾箬林等向知州李洊德呈请，划出僧房，改建书院。李洊德报请江苏巡抚陈宏谋同意后决定：将长生庵主殿以北二十二间房舍留作僧舍，主殿以南二十五间房舍改作书院，将部分僧田划归学田，永作生徒膏火之用，又订立助学、经费、职事等方面的院规六则。为筹措改建书院的费用，李洊德还带头捐俸银四百两以倡率，有小吏杨树庸捐银就达二十四两。经过三个月的修葺，次年正月十五，书院正式建成，名曰“珠湖书院”，由邑人万光垲、贾祖辉任董事，崇川进士方汝谦(1724—1775)受陈宏谋之邀，任珠湖书院首任主讲席(山长)。州志有书院房舍状况的详细记载：

书院在北门越城内，朝西大门一座，门房一间，碑一座，谭陈氏施田小碑一座，二门一座，朝南小楼一间，朝西讲堂三间，大楼三间，堂楼三间，朝东书房二间，朝西号舍二间，朝南厢房一间，朝南号舍二间，朝南小楼一间，朝西号舍三间，厨房三间，后门一间。

乾隆二十七年，李洊德升任别府，离任前，撰《创建书院碑记》。为纪念李知州激浊扬清、首倡书院的盛举，邮人将其所订院规勒碑以纪。

乾隆四十七年，因书院靠近闹市，环境嘈杂，书院学生呈请州府将书院移至安静之地，得到知州杨宜崙的许可。恰巧城西镇国寺东侧有一处民房出售，秀才吴兆萱、监生居麟友等捐银五百两购得该民房。为维系书院运转，秀才张方莱、沈宗溥、夏余春等二百七十二人共捐三千二百六十千钱，存典铺生息;州府又拨入泰山庙归公田一百九十八亩，作为学生膏火、修葺房屋、购置书籍什物等用。杨宜崙重新修订书院规条十一则，刊勒碑石，并为书院题写“瑞应珠光”的匾额。次年，书院聘请溧水高平书院首任山长屠阶云(1722—?)为主讲席。新的珠湖书院依傍千年不息的汤汤运河，环境清静优雅，朗朗书声伴晨钟暮鼓。州志有载：

珠湖书院在城内忠三铺，西塔左，面城环池，大门一座，门房一间，课堂三间，讲堂三间，东首二门一间，西首套房五间，供奉至圣殿五间，东厢房二间，西厢房三间，宅门一间，正房三间，西厢房四间，东书房二间，群房五间，二门外，东园一所，内有荷亭、牡丹亭、方亭，小山曲沼，影廊折桥，古树葱郁，颇称幽胜云。

咸丰二年(1852)，知州魏源捐廉在文游台左改建文台书院，原珠湖书院停用。同治三年(1864)，知州马鸿翔考虑到文台书院离州署路途较远，不便正常考核士子的学业，打算恢复珠湖书院。其时，江西九江镇总兵黄开榜正扼守高邮，黄愿捐助木料，马知州遂让书院董事组织兴修，由学正叶觐扬督修，珠湖书院得以恢复。光绪年间，知州姚德彰、金元烺、谢国恩等先后重订书院章程。光绪二十三年(1843)，知州章邦直(字希瑗，号西园)在高邮卫旧址(今市教育体育局)创建珠湖致用学堂，教授学生英文、算学等。又在学堂前东西两侧建号舍，以便每逢课期各闭一室考核生童。此项公务原在珠湖书院进行，故书院主讲席也随之入住致用学堂，原书院遂虚置。二十六年，因团练经费紧张，知州汤华衮经批准后停办致用学堂。二十八年，知州李孟康复开致用学堂，学堂总教习兼任珠湖书院主讲席。三十三年六月，知州江朝铭将淮海、赞化、育才三学堂的高等生并入致用学堂，改称“高邮官立高等小学堂”，主管称堂长。

书院的主讲席一般由德高望重、学养完粹的一时名儒担任。屠阶云之后，吴县进士杨大琛、曾任高州知府的顾宗泰都曾任书院主讲席。顾宗泰，字景岳，号星桥，元和人，乾隆四十年进士，在邮任教六年，他“惜才如命，题倡风雅，所至揭笺书壁，手不停披，口不废吟，古学时艺，诲人不倦”，期间著有《珠湖听雨集》《江馆留云集》《淮海维驹集》等。宋茂初(1760—1842)，字实甫，号濯莲，乾隆五十九年高邮举人。扬州知府伊秉绶十分敬佩宋的风采，延请其教授子弟，宋的学生中学业有成者众多，宝应进士刘宝楠是杰出的代表之一。晚年，宋茂初入主珠湖书院，他“礼接书生，循循善诱，与人言平易，皆寻常语，而奖劝诱掖之心，闻言者往往各得其意而去”。此外，高邮进士詹汝谦、陈时升、高蓉镜、谈人格，进士朱枬，邑人王恩熙、贾承诰、夏伦彝等，都曾任珠湖书院主讲席(堂长)。

光绪末年，纺织局迁入原珠湖书院，1911年高邮光复后，纺织局停办。1919年，原珠湖书院被拆毁，木料等用以建高邮县第五高等小学。历经一百六十年的风雨沧桑，珠湖书院完成了其历史使命，淡出了人们的视野。